Il santuario è l'oggetto culturale più importante del comune di Bronschhofen. Il nome Dreibrunnen deriva dalle tre sorgenti che sorgono nelle vicinanze.

Il fondatore e l'anno di fondazione della chiesa di Dreibrunnen sono sconosciuti, ma la sua costruzione può essere probabilmente datata alla prima metà del XIII secolo. Nel XIII secolo la chiesa era di proprietà dei conti di Toggenburg.

Durante la Riforma, i cittadini e l'Heilig-Geist-Spital Wil acquistarono la chiesa dallo Stato di Zurigo.

La chiesa ha ricevuto l'attuale aspetto esterno grazie alla ricostruzione del 1672. La maggior parte degli arredi artistici risale al periodo 1761-1763.

Quando le autorità ospedaliere vendettero la proprietà di Dreibrunnen nel 1840, questa passò di mano diverse volte fino a quando Maria Dreibrunnen fu acquistata dalla parrocchia di Wil nel 1938.

Da allora è stato creato un luogo di pellegrinaggio molto visitato con la nuova casa parrocchiale e la foresteria per i pellegrini, oltre che con varie ristrutturazioni interne ed esterne della chiesa.